上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院（以下简称“九院”），2005年上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，九院改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院。

　　九院是一所以口腔、整复外科和 骨科为特色的内、外、妇、儿各科齐全的三级甲等综合性教学医院。近年来，以“ 精修医术、诚炼医德、广纳贤才、齐铸九院”的医院精神，以“科教兴院、人才强院”的发展战略，在医、教、研、管理等方面取得了可喜成绩。已连续九届评为上海市文明单位，并获“全国城市医院文化建设先进集体”荣誉称号。

医院占地面积61亩。医院核定床位1000张，口腔综合椅位260张，临床科室33个，医技科室9个。全院职工2200余人，医疗专业技术人员占82%以上，其中副高职称以上专家350余人。现拥有3位中国工程院院士：著名整复外科专家张涤生、口腔颌面外科专家邱蔚六、骨科专家戴尅戎，以及国家973项目首席科学家曹谊林教授和上海市十大科技精英、上海市领军人才、卫生部突出贡献中青年专家张志愿教授。

医院拥有3 个上海市临床医学中心（口腔临床、整复外科、关节外科）和2个上海市临床医疗质量控制中心（口腔医学、医学美容）。口腔临床医学、整复外科与组织工程学、外科学（骨科）现为国家重点学科，口腔基础医学现为国家重点培育学科。2009年教育部学位与研究生学位发展中心公布的2007～2009学科评估高校排名结果，上海交通大学口腔医学以80分与北京大学并列排名全国第二。口腔医学、整复外科学、骨科学为教育部第三期“211工程”重点建设学科。口腔黏膜病科列为国家中医药管理局重点专科。组织工程学为上海市“重中之重“学科，口腔颌面外科为上海市重点学科（优势学科），口腔修复生物材料学为上海市重点学科（特色学科），口腔基础医学和眼科学为上海市第三期重点学科，骨科为上海市教委重点学科。眼科、麻醉科、泌尿外科、内分泌科为上海交通大学医学院重点学科。也是上海交通大学医学院血管病诊治中心、疝与腹壁外科疾病诊治中心单位。

医院年门急诊病人173万人次，年出院病人3.5万人次，年施行住院手术22500余例，门诊手术55000余例。各学科临床水平不断提高，其中口腔颌面外科、整复外科和骨科在国内外诸多领域达国际领先水平，成为全国知名品牌。近年来，“裸鼠背上长人耳”、“国内首例胸骨裂畸形”小吴菁修复术、“中国第一毛孩”于震环外耳道整形术、 “下颌骨骨化性纤维瘤”欧阳莉菁肿瘤切除植骨修复术等曾轰动全国。

九院是上海交通大学口腔医学院、九院临床医学院教学基地，拥有27个教研室，建立了国内一流的口腔仿真模头实训基地。获得3项国家级精品课程，1项国家级双语教学示范课程，1个国家级教学团队，硕士生导师117名，博士生导师53名，设有3个博士后流动站，15个博士点、20个硕士点。医院现有1个国家组织工程研发中心，1个教育部数字医学工程研究中心，上海市组织工程重点实验室、上海市口腔医学重点实验室和上海市骨科内植物重点实验室。拥有上海市整复外科研究所、上海市口腔医学研究所和上海市生物材料研究测试中心。上海市科技功臣1人，上海市十大科技精英2人。有国家杰出青年2人，长江学者2人，新世纪百千万工程国家级人选2人、教育部新世纪优秀人才支持计划5人、卫生部突出贡献中青年专家4人，以及上海市启明星（后）计划等市级以上人才培养近100人次。近十年来医院承担纵向科研项目500多项，其中包括其中973首席科学家项目2项，国家自然科学基金107项（重点项目3项）。获国家级奖项3项（国家科技发明二等奖1项、国家科技进步二等奖2项），省部级奖项39项（其中一等奖6项）、上海市卫生系统银蛇奖一等奖1项。近5年，科研总经费约16000多万元，发表论文3000余篇，其中SCI收录论文260余篇。2004年度Medline收录论文数量居全国医疗机构排名第1位。中国科学技术信息研究所公布的2008年度中国科技论文统计结果，我院被SCI收录论文数达90篇，排名全国医疗机构第17位。2010年获得国家自然基金资助项目数排名上海市医疗机构第3位。

医院坚持 “以人为本”，从最广大职工利益出发。积极推进医院后勤化改革和劳动人事制度改革；医院重点加大对35岁以下优秀青年的培养力度和考核力度，已实施三期“院优秀青年培养计划”；二期院级重点学科建设项目，重点支持有发展潜力的临床学科。

医院注重精神文明和政风行风建设。医院先后获得全国城市医院“思想政治工作先进集体”、全国城市医院“抗震救灾先进集体”。口腔颌面外科荣获全国总工会授予的“全国五一劳动奖状”、全国首届“工人先锋号”、上海市“工人先锋号”荣誉称号。